玄箱弄りは一休みして某社のMPC8245板弄り…以前にFlashROM焼きソフトで弄れなかったので、いろいろ再挑戦（というか、JTAGが正しく動作するか確認するための比較テストでもあります）。
で、メモリエリアについて正しく割り付けして、さらにちゃんと$00000000～を有効にしてやったところFlashROM焼きソフトは動作しました（といっても、ライセンス購入しないとROM領域を読んでS形式で落としたり、FlashROMのID読む程度しかできないのですが）。
参考までに MPC8245用 MBM29LV160T搭載板用config等ヽ(´ー｀)ノ
[SETUP]
CpuVendor=Motorola
CpuChip=MPC8245
CpuEndian=BIG
FlashVendor=Fujitsu
FlashChip=MBM29LV160T
RamAddress=$00000000
FlashAddress=$FFF00000
FlashWidth=16
FlashChipsPerSector=1
LittleEndian=0
SimCount=0
MemoryCount=12
ScanChainCount=0
Mem1=$FEC00000:$F0000080:32:0
Mem2=$FEE00000:$00006088:32:0
Mem3=$FEC00000:$F4000080:32:0
Mem4=$FEE00000:$3c020000:32:0
Mem5=$FEC00000:$F8000080:32:0
Mem6=$FEE00000:$00004078:32:0
Mem7=$FEC00000:$FC000080:32:0
Mem8=$FEE00000:$39323035:32:0
Mem9=$FEC00000:$F0000080:32:0
Mem10=$FEE00000:$00006888:32:0
Mem11=$FEC00000:$A0000080:32:0
Mem12=$FEE00000:$00000001:8:0
MPC8245は $FEC00000に設定対象を書いてから、$FEE00000に値を書く/読む してバス設定他弄りますので…とりあえず上記。MPC8241も同じと思われます（パッケージが違うだけでダイは同じ？とか）